Les subtélomères sont des régions des chromosomes linéaires de Streptomyces évoluant rapidement

Publication de l’article intitulé « Subtelomeres are fast-evolving regions of the Streptomyces linear chromosome » dans Microbial Genomics !
(Microb Genom. 2021 Mar 22. doi: 10.1099/mgen.0.000525. PMID: 33749576)

Bravo aux auteurs Jean-Noël Lorenzi, Olivier Lespinet, Pierre Leblond et Annabelle Thibessard !

Ce travail collaboratif (Doctorat I2BC/Dynamic de JN Lorenzi) a permis, par une large analyse de génomique comparée au sein du genre Streptomyces, de démontrer que les régions terminales du chromosome évoluent de façon plus rapide sous l’effet combiné de la recombinaison (shuffling) et du transfert horizontal. Ces deux paramètres étant analysés dans des comparaisons génomiques bi-partites de l’indice de conservation de l’ordre des gènes (GOC local) et de la mesure du taux d’orthologues le long du chromosome (OR). Une analyse DCJ (Double Cut and Join) permet également d’inférer l’existence d’un squelette ‘rigide’ ancestral (core génome hérité de façon verticale) structurant la région centrale du génome.
Enfin, nous discutons, entre autres, des origines de la structuration compartimentée du gènome avec une localisation des gènes en fonction de leur contribution écologique (gènes ‘sociaux’ versus ‘privés’) ainsi que du rôle de la plasticité dans leur évolution rapide.

Cette figure montre que les gènes des bras (carrés) sont rapidement et de façon intense réarrangés au cours de la divergence des espèces, et ce par contraste avec les gènes variables localisés dans la région centrale (ronds) et plus encore par rapport aux gènes du core-génome (triangles, 1.018 gènes communs à toutes les espèces et présumés hérités de façon verticale).

Le squelette formé par des core-gènes n’est quasiment pas réarrangé (la ‘courbe’ formée par les triangles reste quasiment à 0 quelle que soit la distance phylogénétique considérée entre les souches comparées).