Les opérons ribosomiques définissent un compartiment central fonctionnel dans le chromosome des Streptomyces – Article dans Nucleic Acids Research
Les Streptomyces sont des producteurs prolifiques de métabolites spécialisés avec des applications en médecine et en agriculture. Ces bactéries possèdent un grand chromosome linéaire (8-12 Mb) génétiquement compartimenté : les gènes importants sont regroupés dans la partie centrale, tandis que les régions terminales sont peuplées de gènes peu conservés (contingents). Dans les cellules à croissance exponentielle, la capture de la conformation du chromosome (Lioy et al, 2021) a révélé des frontières nettes formées par les opérons de l’ARN ribosomique (ARNr) qui segmentent le chromosome en de multiples domaines.
Dans un article publié dans le journal Nucleic Acids Research (Lorenzi et al, 2022), nous avons exploré le lien entre la distribution génétique des opérons ARNr et la compartimentation génétique des Streptomyces. L’analyse d’un large panel de génomes d’espèces représentatives de la diversité du genre a révélé que les opérons rrn et les gènes conservés (‘core’) forment un squelette central. Le compartiment central abrite les gènes ayant les niveaux d’expression les plus élevés, indépendamment de la persistance des gènes et de la distance à l’origine de réplication. Ces résultats soulignent que les opérons rrn sont les limites structurelles d’un compartiment fonctionnel central sujet à la transcription chez les Streptomyces.
Lioy VS, Lorenzi JN, Najah S, Poinsignon T, Leh H, Saulnier C, Aigle B, Lautru S, Thibessard A, Lespinet O, Leblond P, Jaszczyszyn Y, Gorrichon K, Varoquaux N, Junier I, Boccard F, Pernodet JL, Bury-Moné S. Dynamics of the compartmentalized Streptomyces chromosome during metabolic differentiation. Nat Commun. 2021 Sep 1;12(1):5221. doi: 10.1038/s41467-021-25462-1.
Lorenzi JN, Thibessard A, Lioy VS, Boccard F, Leblond P, Pernodet JL, Bury-Moné S. Ribosomal RNA operons define a central functional compartment in the Streptomyces chromosome. Nucleic Acids Res. 2022 Nov 11;50(20):11654-11669. doi: 10.1093/nar/gkac1076.