Ouverture à la communauté scientifique d’ICEScreen, outil d’annotation d’éléments conjugatifs chez les Firmicutes – Article dans NAR Genomics and bioinformatics
Les ICE et les IME sont deux types d’éléments mobiles, intégrés dans les chromosomes bactériens, qui se transfèrent par conjugaison. De par leur diversité et leur localisation intra-génomiques, les ICE, et plus encore les IME, demeurent mal annotés et leur abondance largement sous-estimée. Pourtant, ces éléments jouent un rôle très important dans la dissémination des résistances aux antibiotiques et contribuent massivement à l’adaptation des bactéries à leur environnement.
Actuellement, aucun outil n’est capable de détecter de manière exhaustive les ICE ou les IME des Firmicutes. C’est pour répondre à cette problématique que nous avons développé l’outil ICEscreen en collaboration avec l’équipe Statinfomics de MaIAGE.
Par rapport aux outils existants, ICEscreen est innovant à double titre : (i) il s’agit d’un outil d’aide à la détection automatique des ICE et IME de Firmicutes, (ii) il facilite l’annotation d’éléments composites (éléments en tandem ou emboîtés les uns dans les autres).
L’outil ICEscreen est actuellement disponible en accès libre (code source, plateforme Migale et sur Galaxy). Cet outil a fait l’objet d’une publication dans le journal NAR Genomics and Bioinformatics (Lao et al, 2022).
Guédon G, Lao J, Payot S, Lacroix T, Chiapello H, Leblond-Bourget N (2022). FirmiData: a set of 40 genomes of Firmicutes with a curated annotation of ICEs and IMEs. BMC Research Notes. doi:10.1186/s13104-022-06036-w.
Lao J, Lacroix T, Guédon G, Coluzzi C, Payot S, Leblond-Bourget N, Chiapello H. ICEscreen: a tool to detect Firmicute ICEs and IMEs, isolated or enclosed in composite structures (2022). NAR Genomics and Bioinformatics 4(4) doi:10.1093/nargab/lqac079